石田神社本殿は、三間社流造正面に軒唐破風、千鳥破風をつける柿葺（こけら）の建物である。
身舎の組物は非常に立体的で、中備、手狭、正面の扉などの装飾にも手がこんでいる。
建立は正徳三年（１７１３）で、大工は梅迫村四方好兵衛政重、小兵衛、源兵衛父子で、十八世紀前半の神社建築の中では特に保存がよい。
境内社恵比須神社は西宮大神宮とも称し、桁行三間、梁行二間切妻造の建物である。
建物の由緒は詳でないが、木割りが太く、蟇股の形状などからみて、当社の棟札にある延慶四年（１３１１）造立の建物、即ち鎌倉時代に建立された旧本殿であろうと考えられている。
後世において改造されてはいるが、京都府北部に残る最古の神社遺構であり、妻飾の虹梁大瓶束に禅宗様をとり入れており、全国的にみても、こうした様式が神社建築に取り入れられた早い例で、建築史上の価値は非常に高い。
| 指定文化財 | 重要文化財 | 石田神社境内社 恵比須神社本殿 | 建造物 | １棟 | 鎌倉時代 |
| 府指定文化財 | 石田神社本殿 | 建造物 | １棟 | 江戸時代 | |
| 京都府決定 | 石田神社文化財環境保全地区 | 環境保全地区 |
